【アムウェイ コーヒーメーカー カフェテック】取扱説明書の手入れ方法にクエン酸を使用するとありますが、代わりにレモンをつかっても良いですか？

レモンでも代用は可能です。
水7カップに対してレモン半分をガーゼにくるみ、絞ったレモン水を使用してください。
お手入れの手順は10ページをご参照ください。